Het virus muteert snel, doordat er tijdens het kopiëren van zijn DNA in de CD4-cellen vaak fouten optreden. Dit maakt het moeilijk om precies te bepalen welk deel van het DNA van de CD4-cel het hiv-DNA is, wat het onderzoek naar effectieve behandelingen bemoeilijkt.
Hiv kan zich verbergen in rustende CD4-cellen, wat het moeilijk maakt om het virus volledig uit het lichaam te verwijderen. Het hiv-reservoir is een gebied waar onderzoekers nog niet alles van begrijpen, wat genezing moeilijker maakt.
In plaats van door het immuunsysteem te worden bestreden, gebruikt hiv het immuunsysteem om zichzelf te vermenigvuldigen. Dit omgekeerde gebruik van de afweer maakt het extra uitdagend om hiv volledig te elimineren zonder het immuunsysteem te beschadigen.